药学学科为一级博士学位授权点和一级硕士学位授权点，包括药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、药理学等博士和硕士二级学位授予权点。其中，药学学科为吉林省优势特色重点学科、吉林省重中之重学科和“十三五”吉林省特色高水平学科（A类），民族药学（朝药学）为国家中医药管理局重点学科，在教育部学位与研究生教育发展中心第四轮学科评估中，药学学科名列B-。目前，在校硕士研究生有235名，博士研究生43名，有国外留学生4名。在《中国学位与研究生教育及学科专业评价报告》中，药学学科一直排名20.71%、21.83%和26.57%。

学院双聘中国工程院陈芬儿院士成立吉林省手性药物工程研究中心和延边大学制药工程创新研究中心，引进“外专千人计划”学者建立吉林省高校药物靶点与药物活性筛选重点实验室和延边大学分子药物研究中心。现有专职教师47名，其中正教授14名，副教授16名，讲师11名，助教6人。教师队伍中有吉林省长白山学者2人、吉林省高级专家1人、吉林省学科领军教授1人、国务院特贴专家1人、宝钢优秀教师1人、吉林省拔尖创新人才5人、吉林省有突出贡献的中青年专业技术人才3人、吉林省新世纪优秀人才2人、吉林省创新创业人才2人和科研春苗计划人才1人。

近年来，药学院以长白山道地药材和朝鲜族民族药为研究对象，先后承担国家重大新药创制专项2项，国家级及省部级科研项目105项，其中国家自然科学基金项目56项，研究经费达5千余万元；发表论文443篇，其中SCI论文288篇。获得吉林省科技进步二等奖3项、三等奖5项，吉林省自然科学三等奖1项。获得吉林省优秀博士论文4篇，校优秀博士论文11篇；吉林省优秀硕士学位论文9篇，校优秀硕士论文21篇。

以药学学科为依托，建设有长白山生物资源与功能分子教育部重点实验室、国家外专局生物资源与功能分子学科创新111引智基地、国家中药管理局民族药（朝药）重点实验室、吉林省高校高端科技创新平台、中国朝鲜族传统医药研究国际合作基地、吉林省手性药物工程研究中心、吉林省高校药物靶点与药物活性筛选重点实验室、吉林省高校朝药研究重点实验室、吉林省朝医药产业公共技术研发中心、延边大学医药健康产业研发中心、延边大学医药健康产业中试基地、延边大学分子药物研究中心、延边大学制药工程创新研究中心、吉林敖东药业博士后科研基地（共建）、吉林敖东药业博士研究生工作站（共建）等。本学科经过40余年的建设与发展，已成为吉林省乃至全国重要的高层次药学拔尖创新人才培养基地。