延边大学药学院的前身是延边医学院药学系。

1976年8月20日，省委吉便字（76)第37号文件批复“省委同意将延边医专改为延边医学院”，延边医学专科学校改为延边医学院。

1976年10月，新增设了药学专业。

1977年3月，招收文化大革命后第一批药学专业（3年制）76级新生39名。

1978年3月，招收文化大革命后第一批药学专业（4年制）77级本科生61名。

1980年7月31日，成立延边医学院药学系。

1996年4月16日，原延边大学、延边医学院、延边农学院、延边师专、吉林艺术学院延边分院等五所高校办学实体合并为延边大学，延边医学院改名为延边大学医学院，药学系为延边大学医学院药学系。

1997年3月14日，经延边大学校长办公会议研究决定，报吉林省教委同意，延边大学医学院药学系改制为处级建制，定名为“延边大学药学院”，暂隶属于延边大学医学院（延大校发[1997]59号《关于成立延边大学药学院的决定》）。

2005年6月2日，撤消延边大学医学院，成立延边大学医学部（延大校发2005[149]号《关于撤消医学院成立医学部的决定》），医学部下设5个学院，延边大学药学院就是其中的一个学院。

2010年9月1日，开始搬迁至延边大学新校区的药学院楼，此外医药研究中心搬到科技大楼，成为整体延边大学校园中的一员。

2012年3月19日，延边大学药学院进行校院两级管理（延大校发2012[22]号《关于医学部下辖学院实行校院两级管理的决定》），从此学院开始了学科建设、人才培养、队伍建设、科学研究等独立的管理和发展建设。

2018年2月28日，撤销医学部，药学院独立设置（延大党委[2018]2号《关于部分教学部门调整的通知》）。